信使RNA（mRNA）疗法凭借其快速的研发能力和诱导有效免疫反应的能力，彻底改变了现代医学，成为对抗传染病的有力武器。mRNA序列靶蛋白的表达水平主要受翻译效率和稳定性的影响，而通过修饰5′和3′非翻译区（UTR）、密码子适应性指数、GC含量和二级结构，可以显著提高翻译效率和稳定性。为了应对mRNA设计优化的挑战，我们开发了mRNAdesigner，一个专门用于提高真核生物mRNA稳定性和翻译效率的Web服务器。用户可以输入编码序列（CDS）以及可选的5′ UTR和3′ UTR，该工具通过减少非配对区域、最小化复杂的茎环结构、减少稀有密码子的使用，并遵循用户定义的GC含量偏好，来优化CDS。此外，mRNAdesigner还能识别最佳UTR序列，以提高翻译效率和稳定性。作为一款开放获取的计算资源，mRNAdesigner支持全长mRNA设计，使研究人员能够生成高表达mRNA序列，从而在真核表达系统中高效生产蛋白质，为疫苗研发和蛋白质疗法提供额外支持。这是首个向公众开放的此类工具。
